تناول تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية للسنة المالية المنتهية 2013 - 2014، مخالفات متعلقة بالهيئة الوطنية لتنظيم المهن والخدمات الصحية فيما يتعلق بمنح التراخيص للمؤسسات الصحية، إذ كشف عن قيام الهيئة في بعض الأحيان بمنح تراخيص لفتح مؤسسات صحية من دون استيفاء الشروط والمواصفات الفنية واستدل في ذلك بقيام الهيئة بالترخيص لمركز طبي خلال العام 2013 يستخدم أدوات غير معقمة خلال المعالجة ولا يوفر واقياً للأشعة داخل غرفة الأشعة، فضلاً عن منحها ترخيصاً لمستشفى خلال العام نفسه لا يضم قسماً للعناية المركزة.

أما فيما يتعلق بمنح تراخيص مزاولي مهنة الصيدلية فقد تم الإشارة إلى منح تراخيص لصيادلة من دون إجراء اختبارات لهم، ووعدت بدورها الهيئة بالالتزام بتوصية « الرقابة»، والتي تقتضي تسوية أوضاع التراخيص الممنوحة بشكل مخالف للاشتراطات والالتزام بالأخيرة مستقبلاً، وفقاً لقانون مهن الصيدلة والمراكز الصيدلية.