لاحظ تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية وجود 50 وظيفة شاغرة في إدارة الموارد المالية بشئون الجمارك والتي تبلغ نسبتها 82 % من إجمالي الوظائف التابعة للإدارة، منها وظائف رئيسية مهمة مثل وظيفة مدير إدارة الموارد المالية ورئيس شعبة الإدارة المالية، رئيس فرع تحصيل الرسوم والضرائب ورئيس فرع المدفوعات ورئيس قسم إعداد وضبط الموازنة، فيما نوه التقرير إلى أن عدد الموظفين العاملين حالياً بإدارة الموارد المالية يبلغ 11 موظفاً فقط.

ورأى التقرير أن عدم استكمال شغل الوظائف الشاغرة على الهيكل التنظيمي وخصوصاً الرئيسية منها يؤدي إلى تحمل الموظفين الموجودين حالياً لأعباء إضافية وظهور العديد من أوجه القصور في أداء الإدارة، وهي عدم القيام بإعداد تسويات شهرية لحساب التأمين، عدم الالتزام بتصريح مستندات الإيرادات، عدم الفصل بين مهام تسجيل الإيرادات وإعداد التسويات البنكية للحسابات المصرفية فضلاً عن عدم القيام بتحديث سجل الموجودات الثابته أولاً بأول وعدم تضمين الحساب الختامي للسنة المالية 2012 لشئون الجمارك بمصروفات تخصها بلغ ما أمكن حصره منها 41.718 دينار، وأخيراً وجود مصروفات بمبلغ 79.674 ديناراً تخص السنة المالية 2011 تم تحميلها على السنة المالية 2012.

وأوصى التقرير باتخاذ الإجراءات اللازمة لشغل الوظائف الرئيسية الشاغرة على الهيكل التنظيمي، وذلك لتتمكن الإدارة من القيام بمهامها الأساسية بالكفاءة المطلوبة، فيما بينت الإدارة بأنه جارٍ العمل على تنفيذ التوصية، إذ تم عمل على تعيين 8 موظفين بوظيفة أمين صندوق، تم مقابلة عدد من المرشحين لشغل عدد من الشواغر بالوظائف الرئيسية في الإدارة المالية وجارٍ العمل على استكمال إجراءات التوظيف في الإدارة المالية تنفيذاً لما ورد في التوصية.