تضم جامعة البحرين 9 كليات مختلفة، تقدم 42 برنامجاً أكاديمياً في تخصصات متعددة، وذلك لخريجي المرحلة الثانوية، الذين لا تقل معدلاتهم عند التخرج عن 70 في المئة. وهي على النحو التالي:

تقدم شهادة الدبلوم المشارك من كلية التعليم التطبيقي:

البرامج الهندسية: الهندسة الميكانيكية، الكهربائية والإلكترونية، الكيميائية، المدنية، هندسة التحكم.

البرامج الإدارية: الدراسات التجارية، الإدارة المكتبية.

تقنية المعلومات: تطوير البرمجيات وقواعد البيانات، تصميم وإدارة مواقع الإنترنت، تطبيقات الوسائط المتعددة، شبكات الحاسوب، صيانة وتجميع الحاسوب، نظم المعلومات.

تقدم شهادة البكالوريوس في التخصصات التالية:

كلية الهندسة: الهندسة المدنية، الهندسة المعمارية، الهندسة الميكانيكية، الهندسة الإلكترونية، الهندسة الكهربائية، هندسة الأجهزة الدقيقة والتحكم، الهندسة الكيميائية، التصميم الداخلي.

كلية الآداب: علم الاجتماع، الخدمة الاجتماعية، التاريخ، الجغرافيا التطبيقية، اللغة العربية، اللغة الإنجليزية، الدراسات الإسلامية، الإعلام (الصحافة، الراديو والتلفزيون، العلاقات العامة، الإعلان، الإعلام الإلكتروني)، سياحة (الإرشاد السياحي، إدارة الشركات السياحية، إدارة الفنادق). ذلك إلى جانب برنامج بكالوريوس الشريعة في الاقتصاد والتمويل، وهو برنامج يدرّس بالتنسيق بين كليتي الآداب وإدارة الأعمال.

كلية العلوم: الكيمياء، الفيزياء، الرياضيات، علوم الحياة، الإحصاء وبحوث العمليات.

تقنية المعلومات: هندسة الحاسوب، علم الحاسوب، نظم المعلومات.

كلية إدارة الأعمال: المحاسبة، التسويق، إدارة الأعمال، الأعمال المصرفية والمالية.

الحقوق: الحقوق

كلية المعلمين: بكالوريوس في التربية.

كلية التربية الرياضية والعلاج الطبيعي: تربية رياضية، علاج طبيعي.

كلية العلوم الصحية: بكالوريوس التمريض، الدبلوم المشارك في الصيدلة، الدبلوم المشارك في الأشعة، الدبلوم المشارك في صحة الفم والأسنان، الدبلوم المشارك في تكنولوجيا المختبرات الطبية.

كما تقدم جامعة البحرين شهادة الماجستير في التخصصات التالية:

الماجستير في إدارة الأعمال لحملة البكالوريوس من جميع التخصصات، الماجستير في الهندسة الميكانيكية لحملة البكالوريوس في الهندسة الميكانيكية، الماجستير في الهندسة الكيميائية لحملة البكالوريوس في الهندسة الكيميائية، الماجستير في الهندسة الكهربائية والإلكترونية لحملة البكالوريوس في الهندسة الكهربائية والإلكترونية، الماجستير في الهندسة المدنية لحملة البكالوريوس في الهندسة المدنية، الماجستير في الإدارة الهندسية لحملة البكالوريوس في الهندسة، الدكتوراه في الهندسة لحملة الماجستير في الهندسة من جميع التخصصات، الماجستير في القانون العام لحملة البكالوريوس في الحقوق، الماجستير في القانون الخاص لحملة البكالوريوس في الحقوق، الدكتوراه في الحقوق لحملة الماجستير في الحقوق، الدبلوم العالي والماجستير في اللغة الإنجليزية لحملة البكالوريوس في اللغة الإنجليزية، الدبلوم العالي والماجستير في اللغة العربية لحملة البكالوريوس في اللغة العربية، الماجستير في الإعلام لحملة البكالوريوس في الإعلام، الماجستير في الرياضيات لحملة البكالوريوس في الرياضيات، ماجستير البيئة والتنمية المستدامة لحملة البكالوريوس في التخصصات العلمية والهندسية، وأخيراً الماجستير في تقنية المعلومات لحملة البكالوريوس من جميع التخصصات.

كما تقدم الجامعة شهادة الدكتوراه في التخصصات التالية:

الهندسة الكيميائية، الإدارة الرياضية.