بدأ عيسى السعدون مشواره مع الكرة العام 1979 في صفوف فريق الأشبال بقيادة المدرب علي الشتي، وتدرج في صفوف فئات النادي حتى وصل للفريق الأول العام 1989 بعد أن منحه المدرب التونسي عبدالرحمن الرحموني الفرصة لتثبيت أقدامه مع «زعيم البطولات».

والسعدون عاصر أجيال ولاعبين من طينة الكبار والنجوم أمثال حمود سلطان، عدنان ضيف، إبراهيم زايد، هشام البلوشي، علي حسن، سعيد مذكور، ومن بعدهم محمد صالح، إبراهيم عيسى، عبدالناصر حسن، فيصل عبدالعزيز، أحمد حسن، وعلي عامر وغيرهم من النجوم المعروفة على المستوى المحلي.

وساهم السعدون كلاعب في تحقيق المحرق للكثير من البطولات كما هو حاله منذ تأسيس كرة القدم البحرينية، إذ ساهم في تحقيق قرابة 8 بطولات دوري، و5 بطولات كأس، ووصافة البطولة الآسيوية والعربية وغيرها من البطولات.

وكان أفضل المواسم الكروية التي مرت على السعدون كلاعب مع المحرق هو موسم 1994/1995 عندما ساهم في الجمع بين بطولتي الدوري والكأس بقيادة المدرب التونسي لطفي البنزرتي. وكان انتقاله للتدريب أمر واقعي ومنطقي وبدأ في العام 1998 بعد أن قرر المدرب البرازيلي كارلوس تجديد صفوف الفريق الأول عبر التغييرات التي قام بها وكان ضحيتها 8 لاعبين دفعة واحدة كان من بينهم السعدون، أحمد وعبدالناصر حسن، محمد مبارك وغيرهم من اللاعبين.

وكانت محطة السعدون الأولى في التدريب في ذات العام مع فئة الأشبال برفقة المدرب التونسي لطفي رحيم، وأكمل السعدون الموسم مع الفريق الأول بعد استبعاد الإدارة للمدرب كارلوس لسوء النتائج وتم تعيين المدرب أحمد صالح الدخيل ومساعدة السعدون.

وتدرج السعدون في مشواره التدريبي حتى وصوله للفريق الأول بالعمل مع المدرب سلمان شريدة، وكان ناديه بوابة للسعدون في الوصول للمنتخبات الوطنية المختلفة بالعمل مساعدا مع المدربين التونسيين نجم الدين أمية والزواوي.