أصدر النائب العام علي فضل البوعينين قراراً برقم (8) للعام 2012 بإنشاء وحدة متخصصة في مكتبه تسمى وحدة التحقيق الخاصة، وتختص بالتحقيق والتصرف في جرائم التعذيب والإيذاء وإساءة المعاملة التي قد تقع من المسئولين الحكوميين، وتحديد مسئولياتهم الجنائية عن تلك الأفعال.

وتضمن قرار النائب العام دعم هذه الوحدة بالخبرات والتخصصات اللازمة والكافية لقيامها بمهماتها، ومن ذلك ندب عدد من مأموري الضبط القضائي تحت مسمى الشرطة القضائية لمعاونة الوحدة في تنفيذ قراراتها، وكذلك دعمها بالأطباء الشرعيين وخبراء الأدلة الجنائية، فضلاً عن توفير جميع المتطلبات البشرية والمادية التي تضمن للوحدة أداءً يتسم بالكفاءة والفاعلية.

فيما نص في القرار على أن تتولى وحدة التحقيق الخاصة مسئولية الوقائع الناشئة عن أحداث العام 2011 التي تضمنها تقرير اللجنة البحرينية المستقلة لتقصي الحقائق، إلى جانب أي وقائع أو قضايا أخرى يقرر النائب العام إحالتها إلى الوحدة للتحقيق فيها وفقاً للمعايير الدولية، ولاسيما ما ورد منها في بروتوكول اسطنبول لتقصي وتوثيق حالات التعذيب