أجلت محكمة الاستئناف قضية المتهمين في واقعة المرفأ المالي حتى 26 أبريل/ نيسان 2012 لندب لجنة ثلاثية من الطب الشرعي وجامعة الخليج ووزارة الصحة وضم تقرير لجنة تقصي الحقائق وندب محاميين للمستأنفين ولسماع إفادة طبيب شرعي الذي لم يتم مناقشته في محكمة أول درجة.

وقد شهدت الجلسة احتجاج المتهمين بعدم السماح لهم بالحديث، وبينوا بأنهم تعرضوا لأصناف التعذيب وللتحرشات الجنسية وأنهم يعرفون من قام بالاعتداء عليهم ومن ضمنهم من شهدوا عليهم أمام محكمة السلامة الوطنية، في الوقت الذي طلب المحامون والمحاميات الحاضرات من المحكمة الاستماع للمستأنفين، كما طلبوا حضور شهود الإثبات ومن بينهم رئيس مركز شرطة الحورة، وطلبوا ضم تقرير لجنة تقصي الحقائق، وعرض المستأنفين على لجنة طبية محايدة للكشف على الإصابات التي أصابتهم، كما بيّن المحامي السيدمحسن العلوي أن أحد المتهمين كان يرقد في المستشفى ويتلقى العلاج بسبب إصابته بمرض السكلر في يوم الواقعة، بينما بيّنت المحامية زينب إبراهيم سبت أن موكلها كان في يوم الواقعة ذاهباً ليجلب أخته من المدرسة، طالبة بمخاطبة وزارة التربية للتأكد من ذلك عن طريق مدرسة شقيقة المتهم.

وكانت محكمة السلامة الوطنية قضت بحبس المتهمين بين 7 سنوات وسنة