صدر عن عاهل البلاد حضرة صاحب الجلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة امر ملكي رقم 46 لسنة 2011 بتعديل بعض احكام الامر الملكي رقم 2 لسنة 2006 باعادة تشكيل مجلس الدفاع الاعلى وتحديد اختصاصاته .
وجاء في الامر الملكي انه يستبدل بنص المادة 9 من الامر الملكي رقم 2 لسنة 2006 باعادة تشكيل مجلس الدفاع الاعلى وتحديد اختصاصاته بالنص الاتي:
يكون لمجلس الدفاع الاعلى امانة عامة يرأسها امين عام يعين بامر ملكي في درجة وزير، ويتم تعيين عدد من الضباط والافراد في الامانة العامة بقرار من القائد العام لقوة دفاع البحرين بالتنسيق مع الامين العام.
وتحدد اللائحة الداخلية الامور التنظيمية المتعلقة بشئون الامانة العامة التي تمكنها من تنفيذ الواجبات المطلوبة منها.