يترقب الأكاديميون في جامعة البحرين تعيين أو التجديد لنواب الرئيس (عددهم ثلاثة)، وتعيين أو التجديد لعمداء الكليات السبع، إضافة إلى عمداء شئون الطلبة، والقبول والتسجيل، والبحث العلمي. كما ينتظر تعيين أو التجديد لرؤساء الأقسام في الكليات. وتوجه في العادة انتقادات حادة إلى التعيينات التي تمت في السنوات الماضية، إذ إن معايير التعيين وآلياتها غير واضحة وغير معلنة. وبحسب متابعين للملف، ففي الجامعات العربية، لا يتم تعيين رئيس قسم، أو عميد كلية، إلا إذا كان يحمل رتبة أستاذ مشارك على الأقل (فما بالك بنائب الرئيس أو الرئيس). وفي الجامعات الأميركية تكون الصرامة أشد، فالأكاديمي من حملة رتبة أستاذ مساعد لا يضمن وظيفته أصلا، إلا إذا وصل إلى رتبة أستاذ مشارك. معروف أن الأكاديميين من حملة الدكتوراه على ثلاث درجات: أستاذ مساعد يرقى إلى أستاذ مشارك ثم إلى أستاذ (بروفيسور) بعد مروره بعدد من السنوات في التدريس، شرط نشره عددا من الأبحاث في دوريات محكمة. ويضيف البعض إلى ذلك مفاهيم جديدة على العمل الأكاديمي (لا يرتضيها آخرون) مثل قيامه بخدمة المجتمع والجامعة، وقدرته الإدارية، وجودة تدريسه. ويقال أن كثرة من أعضاء هيئة التدريس ظلوا سنوات من دون أن تتغير رتبهم الأكاديمية، بسبب ضعف نشاطهم البحثي، أو لعدم توافر الأجهزة لإجراء هذه البحوث. وفعلا فقد تم تعيين أكاديميين من رتبة أستاذ مساعد في منصب عميد، مثل عميد كلية تكنولوجيا المعلومات، وعميد كلية إدارة الأعمال، وعميد شئون الطلبة، وعميد القبول والتسجيل، وهذا مخالف للأعراف الجامعية. يحدث ذلك، والجامعة تعج بأساتذة من درجات علمية أعلى، يمكن أن يشغلوا هذه المناصب. ويدعو أكاديميون إلى تفعيل دور القسم في اختيار رؤساء الأقسام، وتفعيل الأقسام في اختيار العمداء. كما يطالب هؤلاء بالإعلاء من الشأن الأكاديمي، إذ إن (البريستيج) الآن للإداري والمنصب، وليس للمتخصص والضليع في عمله