أسفرت التحالفات الأخيرة لثلاثة من أحزاب المعارضة السودانية الشمالية مع الحركة الشعبية لتحرير السودان عن خلافات حادة بين صفوف الكثير من قيادات هذه الأحزاب الموقعة والغير موقعة للتحالف وهو ما يكاد يعصف بأحد هذه الأحزاب. ورغم التأييد الظاهري الذي تبديه قيادات الأحزاب الشمالية التي دخلت في تحالف مع الحركة الشعبية وهى (أحزاب الاتحادي الديمقراطي والأمة والمؤتمر الشعبي للتحالف) وأهم بنوده وهو الدعوة للعاصمة القومية أو علمانية الخرطوم إلا أن ذلك لم يمنع من اندلاع انشقاقات في صفوف هذه الأحزاب. وفي هذا الصدد أعلن أحد ابرز قيادات حزب المؤتمر الشعبي محمد مصطفى كبر آدم انشقاقه عن الحزب احتجاجا على توقيع الحزب لورقة لندن مع الحركة الشعبية. وأعلن انضمامه لحزب المؤتمر الوطني الحاكم. وعن أسباب هذا الانشقاق قال كبر أن الاتفاقية التي وقعت أخيرا بين المؤتمر الشعبي والحركة الشعبية في لندن واحدة من الدلالات التي تؤكد وتوضح «أن هذا الطريق ليس هو الذي نؤمن به وتعارفنا عليه» ولذلك عدلت عنه خصوصا بعد تباشير السلام المقبل الذي يستوجب علينا تناسى الخلافات. على صعيد آخر أعلن 18 عضوا بالمجلس القومي ينتمون لولايات دارفور الثلاث انشقاقهم عن حزب المؤتمر الوطني الحاكم الذي حملهم لمقاعد البرلمان وذلك احتجاجا على أسلوب علاج الحكومة لأحداث العنف المسلح في هذه الولايات