استكملت وزارة التربية والتعليم مشروعا شاملا لتطوير مناهج المعهد الديني تتضمن تطوير الخطط الدراسية وتحديث مضامين الكتب بما يحقق الأهداف العامة للتربية، وبحيث يؤهل المنهج المطور خريجي المعهد الديني إلى ممارسة بعض الوظائف الدينية البسيطة في المجتمع كالتدريس والخطابة والوعظ والارشاد بالإضافة إلى إعدادهم في الوقت نفسه لمواصلة الدراسة في الكليات الشرعية، للتخرج باعتبارهم قضاة شرعيين أو أئمة.

وكشفت مصادر مطلعة في التربية ان مشروع التطوير الذي هو في طور التمحيص الآن وصولا إلى إقراره للتطبيق مطلع العام الدراسي المقبل 2003 - 2004، يتمحور حول دمج مساقي التعليم الديني الخاص بالتعليم الثانوي العام ضمن إطار نظام الساعات المعتمدة. ويتمن مشروع التطوير التوسع في تدريس اللغات الأجنبية الشرقية لطلبة المعهد بالإضافة إلى الآداب المقارنة والفقه المقارن بين ثقافتين إسلاميتين كما بين العربية والفارسية، العربية والأوردية، بالإضافة إلى تدريس أهم ما توصل إليه العلم الحديث من المعارف في مجال التقانة والعلوم التطبيقية مثل زراعة الأعضاء والهندسة الوراثية وعلوم الفلك مع ربطها بالإعجاز العلمي للقرآن، فضلا عن دراسة النظم الاجتماعية واقتصادات المجتمع