ولد السيد محمد باقر الحكيم في الخامس والعشرين من جمادى الأولى العام 1358 هـ (1939م) في مدينة النجف الأشرف. وهو نجل السيد محسن الطباطبائي الحكيم بن السيد مهدي بن السيد صالح بن السيد أحمد بن السيد محمود الحكيم.

تلقى الحكيم علومه الأولية في كتاتيب النجف الأشرف، ثم دخل مرحلة الدراسة الابتدائية في مدرسة منتدى النشر الابتدائية إذ أنهى فيها الصف الرابع وتركها بعد أن نشأت عنده الرغبة في الدراسات الحوزوية بصورة مبكرة، إذ بدأ بالدراسة الحوزوية عندما كان في الثانية عشرة من عمره وكان ذلك سنة 1370 هـ (1951م).

وافق على انتخابه العام 1964م ليكون أستاذا في كلية أصول الدين في بغداد يدرس علوم القرآن، والشريعة، والفقه المقارن، واستمر في ذلك النشاط حتى العام 1395هـ - (1975م)، وتوقف عن التدريس في الكلية بعد مصادرتها من قبل نظام حكم حزب البعث العراقي. وعلى صعيد التدريس مارس دريس البحث الخارج على مستوى الاجتهاد في ايران بشكل محدود بسبب انشغاله بقيادة الجهاد السياسي.

وإلى جانب نشاطه العلمي في الحوزة العلمية في النجف الأشرف، والتدريس في كلية أصول الدين ببغداد، كان شعر بالحاجة إلى وجود المبلغين الإسلاميين وضرورة اطلاعهم على العلوم الحديثة، فتحرك وبتأييد من الشهيد محمدباقر الصدر وتعاون مجموعة من العلماء الأفاضل نحو تأسيس (مدرسة العلوم الإسلامية) في النجف الأشرف سنة 1384هـ، وأثمرت تلك المدرسة فعلا في تخريج عدد من الدارسين.

مثل الحكيم والده في عدد من النشاطات الرسمية، كحضوره عدة مؤتمرات واجتماعات منها حضوره مع اخيه السيد محمد مهدي الحكيم ممثلان عن والدهما في المؤتمر الاسلامي الذي عقد في مكة المكرمة سنة 1965م والمؤتمر الاسلامي الذي عقد في عمّان بالأردن في أعقاب نكسة يونيو/حزيران العام 1967م.

بعد أن اعدم النظام العراقي السيد محمد باقر الصدر في مطلع أبريل/ نيسان العام 1980م، اتخذ الحكيم قرار الهجرة من العراق فكانت هجرته إلى إيران مطلع يوليو/تموز العام 1980م .

وفي إيران وإلى جانب نشاطاته السياسية الكبيرة، أولى القضايا الثقافية الاسلامية اهتماما كبيرا، فكان له دور كبير في انشاء مؤسستين إسلاميتين عالميتين الأولى هي المجمع العالمي للتقريب بين المذاهب الاسلامية حيث يحتل الآن موقع رئيس المجلس الاعلى لهذا المجمع والثانية المجمع العالمي لأهل البيت (ع) حيث يحتل موقع نائب رئيس المجلس الأعلى لهذا المجمع كما بادر وأسس مركز دراسات تاريخ العراق الحديث ومقره في مدينة قم المقدسة وقام بتأسيس مؤسسة (دار الحكمة) التي تضم مدرسة دينية حوزوية ومركزا للنشر، ومركزا آخر للبحوث والدراسات، ومكتبة علمية تخصصية. وأسس مجمع الكوادر الإسلامية لتربية الكوادر الإسلامية والقيام بالنشاطات الثقافية السياسية.

أعلن منذ بداية الثمانينات التعبئة العسكرية للعراقيين الموجودين في ايران، ثم جاء تأسيس المجلس الأعلى للثورة الاسلامية في العراق العام 1982 ليشكل الغطاء السياسي لمثل هذه التجربة.

تعرَّض الحكيم لعدة محاولات اغتيال بطرق متعددة، وقع بعض هذه المحاولات داخل العراق وبعضها الآخر خارج العراق بعد هجرته لكن جميعها باء بالفشل إضافة إلى تعرضه للاعتقال أكثر من مرة بتهم التحريض على الثورة ضد السلطات العراقية.

صدر له كثير من الكتب والدراسات والأبحاث منها: الوجه الآخر للنظام العراقي، الكفاح المسلح في الإسلام، القضية الكردية من وجهة نظر اسلامية، علوم القرآن، القصص القرآني، منهج التزكية في القرآن، المستشرقون وشبهاتهم عن القرآن، الظاهرة الطاغوتية في القرآن، أهل البيت (ع) ودورهم في الدفاع عن الإسلام، الحكم الإسلامي بين النظرية والتطبيق.

يقود الحكيم الآن المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق ويتحرك من خلاله للثورة ضد النظام العراقي