بدأت الهيئة الوطنية للنفط والغاز، في تنفيذ الهيكل التنظيمي الجديد من أجل النهوض بالعمل واستجابة للتطورات في قطاع النفط والغاز، وذلك بناءً على المرسوم الملكي رقم (18) لسنة 2016 بإعادة تنظيم الهيكل الوظيفي للهيئة الوطنية للنفط والغاز.

حيث ألغى التعديل الجديد الهيكل التنظيمي السابق الذي استمر العمل به عشر سنوات منذ تأسيس الهيئة الوطنية للنفط والغاز في 2005.

وقد اشتمل التعديل الجديد على تغيير مسمى وأدوار الإدارة التنفيذية العليا بالهيئة بحيث أصبح الأمين العام رئيساً تنفيذياً.

وبموجب هذا التنظيم فقد أعيدت تسمية القيادات التنفيذية العليا بالهيئة ليكون هيكل الإدارة التنفيذية برئاسة الرئيس التنفيذي بدرجة وكيل وزارة بدلاً من النظام السابق (أمين عام) كما تم تغيير مسميات المدراء العامين في النظام السابق إلى نواب للرئيس التنفيذي بحسب الهيكل الجديد.

ويحتوي الهيكل التنظيمي على رئيس تنفيذي ونائبين اثنين للرئيس التنفيذي الأول للاستراتيجيات والعلاقات الدولية والثاني للإنتاح والصناعات البترولية..كما يتضمن الهيكل التنظيمي الجديد خمس إدارات وهي: إدارة التخطيط والتطـوير، إدارة السياسات والعلاقات الدولية، إدارة تطوير الاستكشاف والإنتاج، إدارة تطوير الصناعات البترولية، وإدارة الموارد البشرية والمالية، ويأتي هذا التنظيم الجديد متوافقاً مع التوجهات الحكومية بشأن عدم التوسع الإداري مع تحسين كفاءة الأداء والإنتاج.