بناءً على المرسوم الملكي رقم (18) لسنة 2016 الصادر عن عاهل البلاد حضرة صاحب الجلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة الخاص بإعادة تنظيم الهيكل الوظيفي للهيئة الوطنية للنفط والغاز، فقد بدأت الهيئة في تنفيذ الهيكل التنظيمي الجديد من أجل النهوض بالعمل واستجابة للتطورات في قطاع النفط والغاز وصناعة النفط والغاز والصناعات البتروكيماوية. حيث الغي التعديل الجديد الهيكل التنظيمي السابق الذي استمر العمل به عشر سنوات منذ تأسيس الهيئة الوطنية للنفط والغاز في العام 2005.
وقد اشتمل التعديل الجديد تغيير مسمى وأدوار الإدارة التنفيذية العليا بالهيئة بحيث أصبح الأمين العام رئيساً تنفيذياً.وبموجب هذا التنظيم فقد أعيد تسمية القيادات التنفيذية العليا بالهيئة ليكون هيكل الإدارة التنفيذية برئاسة الرئيس التنفيذي بدرجة وكيل وزارة بدلاً من النظام السابق (أمين عام) كما تم تغيير مسميات المدراء العامون في النظام السابق إلى نواب للرئيس التنفيذي حسب الهيكل الجديد.
ويحتوي الهيكل التظيمي على رئيس تنفيذي ونواب اثنان للرئيس التنفيذي الأول للاستراتيجيات والعلاقات الدولية والثاني للإنتاح والصناعات البترولية..كما يتضمن الهيكل التنظيمي الجديد خمس إدارات وهي:
ويأتي هذا التنظيم الجديد متوافقاً مع التوجهات الحكومية بشأن عدم التوسع الإداري مع تحسين كفاءة الأداء والإنتاج.
