قال تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية إن المؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان لم تلتزم بقانون الخدمة المدنية ولائحته التنفيذية خلال الفترة التي سبقت صدور لائحة شئون الموظفين، إذ  منحت موظفيها علاوات وامتيازات تزيد عن تلك الممنوحة وفقا لأنظمة الخدمة المدنية، وهو ما أدى لتكبد المؤسسة مصروفات إضافية بلغ ما أمكن احتسابه منها 233,968 دينار للأعوام من 2012 وحتى 2014.